นายจิรายุ กล่าวต่อว่า เมื่อถึงวันยื่นซองประมูล ปรากฏว่า มีบริษัทก่อสร้างเอกชนรายหนึ่ง ได้ยื่นหนังสือถึงสำนักงานคณะกรรมการนโยบายรัฐวิสาหกิจ (สคร.) ให้พิจารณาปรับปรุงการประเมินข้อเสนอเพื่อหาผู้ชนะการคัดเลือกโครงการ โดยให้ใช้ปัจจัยและผลประโยชน์ด้านอื่นที่เกี่ยวข้อง เช่น ข้อเสนอด้านเทคนิค ความน่าเชื่อถือ ศักยภาพของผู้รับเหมาเข้ามาพิจารณาประกอบ มิใช่พิจารณาแค่ข้อเสนอการเงินเพียงอย่างเดียว และขอให้นำข้อเสนอดังกล่าวเข้าสู่ที่ประชุมคณะกรรมการคัดเลือกเอกชนร่วมลงทุนรัฐ ตามมาตรา 36 ซึ่ง รฟม ได้นำข้อเสนอดังกล่าว มาเข้าที่ประชุมคณะกรรมการคัดเลือกตามมาตรา 36 โดยปรับสัดส่วนเกณฑ์คัดเลือก โดยให้นำข้อเสนอด้าน “เทคนิค” มาเป็นเกณฑ์ประเมินร่วมกับข้อเสนอด้าน “การเงิน” โดยที่ประชุมใช้เหตุผลว่าเป็นโครงการก่อสร้างที่ใช้เทคนิคชั้นสูง ก่ออุโมงค์ลอดแม่น้ำเจ้าพระยาและลอดถนนพื้นที่เกาะรัตนโกสินทร์ ซึ่งจำเป็นต้องใช้เทคโนโลยีขั้นสูงสุด โดยในที่ประชุม ตัวแทนจากสำนักงบประมาณ ได้ท้วงติงถึงการเปลี่ยนหลักเกณฑ์การพิจารณาว่าหลักเกณฑ์เดิมที่เคยใช้มา ก็ใช้ประเมินกับโครงการที่ใช้เทคโนโลยีระดับสูงอย่างโครงการรถไฟฟ้าความเร็วสูงเชื่อมสามสนามบิน ก็ยังใช้เกณฑ์เดิม แต่ถ้าจะเปลี่ยนเกณฑ์ใหม่ จึงขอสงวนสิทธิ์ โดยกรรมการผู้แทนสำนักงบประมาณ ส่งหนังสือยืนยัน ลงวันที่ 28 กันยายน 2563 แสดงความเห็นหลักการประเมินข้อเสนอการคัดเลือกเอกชนโครงการรถไฟฟ้าสายสีส้มว่า “ไม่เห็นด้วยกับการปรับหลักเกณฑ์”